Nem csak a rendszer bevezetését megelőzően merültek fel kérdések azzal kapcsolatban, pontosan hogyan is kell az útdíjat lekönyvelni, de az azóta eltelt időben sem oldódott fel teljesen a bizonytalanság.
Amit mindenki tud: az útdíj hasonlóképpen működik, mint a feltöltőkártyás mobilos csomagok – a fuvaros legelőször feltölt egy nagyobb összeget egy, a HU-GO rendszerben cégenként vezetett számlára, ahonnan az úthasználat függvényében kerül levonásra az útdíj. A Nemzeti Útdíjfizetési Szolgáltató Zrt. a ténylegesen felhasznált összegekről időszakonként küld összesítőt, illetve számlát. Ez a rendszeren belül kerül megküldésre, kinyomtatása a cég feladata.
A számla kinyomtatására és könyvelésére különös figyelmet kell fordítani, mivel csak a számla kiállítása, tehát a felhasználás után történhet meg a költségként történő elszámolás, a feltöltéskor ugyanis a szolgáltatás tényleges igénybevétele még nem történt meg.
A feltöltött összegeket egy átvezetési számlán tartjuk nyilván, ha pedig a számla a kezünkben van, akkor könyvelhetjük át a költségszámlára a szolgáltatás ellenértékét (jellemzően az 5-ös számlaosztályba). A cég átvezetési számláján található összeget mindig év végén kell egyeztetni a HU-GO rendszerben található számlaegyenleggel, hogy megbizonyosodjunk arról, egyeznek a ki nem számlázott, még felhasználásra váró összegek.
Év végén állapíthatjuk meg azt is, hogy a költségszámláról átkönyvelhetünk-e közvetített szolgáltatást a 8-as számlaosztályba – ez az iparűzési adó szempontjából fontos, amelyből később levonhatjuk. Hogy ezt megtehetjük-e, az a törvényi szabályozáson és megkötött szerződéseink megfogalmazásán múlik.
Bizonyos esetekben érdemes lehet akár módosítani is a fennálló szerződéseket, ha úgy kedvezőbben tudjuk elszámolni az útdíjat. Fontos arra is odafigyelni, hogy az útdíjra felszámított áfa az áfa törvény értelmében nem vonható le. Éppen ezért a teljes összeget költségként kell elszámolni, ilyen értelemben tehát az útdíjhoz az áfa is mindig hozzáértendő.