Az útdíj és az áfa viszonylatában a legfontosabb információ, mellyel mindenkinek tisztában kell lennie, hogy az áfa törvény értelmében az útdíjra felszámított forgalmi adó nem vonható le. A teljes összeg forgalmi adóstul költségként számolandó el, így hát mikor útdíjról beszélünk, az minden esetben a benne foglalt áfával együtt értendő – erre érdemes nagyon odafigyelni a pontos költségelszámolás miatt.
A cégek a HU-GO rendszerben vezetett számlájukra töltik fel előre azt az összeget, amelyből az útdíj levonásra kerül az útdíjköteles szakaszok használata függvényében. A számlát a felhasználást követően mindenki magának kell, hogy kiállítsa – az ezen szereplő összeg, amely a felhasznált útdíjakat jelöli, tartalmazza a 27 százalékos áfát. Az útdíj áfája csakis akkor vonható le a fuvarozó által, ha az úthasználati díj megfizetése a 3,5 t össztömeget meghaladó szárazföldi közlekedési eszköz üzemeltetése után történt. (Lásd a régi autópálya használati díj áfa levonhatóságát, ÁFA 125 §. (2) bekezdés h) pontja.)
A fuvarozó által áthárított útdíj áfája ugyanakkor levonható a fuvarozási szolgáltatást igénybe vevőnél, mivel az a fuvardíj része, beépül a fuvarozási díj adóalapjába és ezzel elveszíti önálló adóügyi megítélését, attól függetlenül, hogy azt külön sorban tüntetik fel a számlában. Ha a továbbszámlázásra közvetített szolgáltatásként kerül sor, az útdíj egésze levonható egyébként a társasági adóalapból. Annak érdekében, hogy az útdíj levonható legyen, célszerű lehet fuvarozó cégek számára felülvizsgálni a már meglévő szerződéseket és egyértelművé tenni, hogy a szerződés megengedi-e az útdíj beépítését a szállítási díjba. Előfordulhatnak olyan esetek is, hogy a fuvarozó nem építi be a fuvardíjába az útdíjat, olyan esetben például, ha a szerződés nem engedi meg, vagy külön megállapodást kötött a szolgáltatást igénybe vevővel. Ilyenkor, ha mégis kiszámlázásra kerülne sor, a számla befogadója az áfa törvény alapján nem válik jogosulttá az útdíjban feltüntetett általános forgalmi adó levonására vagy visszaigénylésére.